Ton problème ne peu pas être résolu directement, parce que le principe de la fonction de filtrage est de n'ignorer aucune ligne, masquée ou non.
Une solution peu élégante, mais efficace, serait d'avoir ton filtre sur un autre onglet, et de copier dans ce deuxième onglet tes lignes (si la sélection est faite par un cliquer/glisser sur les cellules et non pas par un ctrl A, ou une sélection via les lignes ou les colonnes, elle ne prendra que les lignes apparentes, et ne copiera que celles-la). Ça devrait être plûtot facile a programmer via une macro.